TNel 1994 diventa presidente dele Consiglio Silvio Berlusconi, con una forte affermazione elettorale di Forza Italia, movimento politico nato come risposta neo conservatrice alla crisi del sistema edemocristiano, attorno al quale si consolida un nuovo asse di centro-edestra che imprime una svolta iper liberista in campo economico. E’ l’inizio del “berlusconismo”, con l’affermarsi di un modello di società fondato sull’individualismo, l’abbassamento dei diritti e delle tutele sociali. Sono tendenze che segneranno a fondo la nostra società, nonostante la parantesi, dal ’96, dei cinque anni di governo Prodi. Sono anche gli anni della guerra dewlla NATO contro la Serbia. L’Arci si schiera decisamente contro la scelta del governo di centro sinistra di partecipare alla missione e promuove iniziative di solidarietà nei paesi dell’ex- Jugoslavia.
Nel 1997, all ‘XI congresso nazionale, viene eletto presidente Tom Benettollo, che contribuirà al rilancio progettuale e politico dell’associazione. Nella seconda metà degli anni ’90, l’Arci è fra i fondatori, di Banca Popolare Etica, di Libera e di TransFair. Sempre in questo periodo l’Arci consolida il suo impegno per la pace e il disarmo e molte eeewdelle sue tradrtizionali campagne in campo sociale e culturale. Dopo Seattle (Settembre 1999), il movimento di critica alla globalizzazione neoliberista si espande in tutto il mondo. L’Arci sceglie di esserne parte attiva, e partecipa al primo Forum Sociale Mondiale. Nle Luglio 2001 è tra  i promotori delle iniziative organizzate a Genova in occasione del G8. Nel capoluogo ligure confluiscono centinaia di migliaia di persone soprattutto giovani, da tutto il mondo. La repressione delle forze dell’ordine contro i manifesti è violentissima. L’11 Settembre dello stesso anno c’è l’attentato alle Torri Gemelle di New York e gli USA attaccano l’Afghanistan in nome della guerra globale al terrorismo. Il 14 Ottobre si svolge una delle più grandi marce della Pace Perugia-Assisi con una foltissima partecipazione dell’Arci. Il 23 Marzo 2002 partecipa alla enorme manifestazione della CGIL contro l’attacco del governo all’articolo 18 della Statuto dei lavoratori. Intanto svolge un ruolo determinante nella preparazione del primo Forum Sociale Europeo che si tiene a Firenze in novembre e che registra un successo straordinario di partecipazione e di consensi. Pochi mesi dopo, il 15 febbraio del 2003 contro la minaccia di una nuova guerra USA all’Iraq, 110 milioni di persone si mobilitano in tutto il mondo. La manifestazione più imponente si tiene a Roma, promossa dal comitato unitario Fermiamo la Guerra, di cui l’Arci fa parte. La mobilitazione continuerà anche nei mesi successivi, per chiedere la fine della guerra e dell’occupazione militare dell’Iraq. In questi anni l’Arci si caratterizza come un enorme laboratorio sociale, politico e culturale. Migliaia di eventi coinvolgono le sue strutture territoriali e mostrano un’associazione vitale, che si misura con i grandi temi della pacem della giustizia, dei diritti, dell’equità sociale, di un diverso modello di sviluppo.
Nel 2004 muove improvvisamente Tom Benettollo. E’ un colpo durissimo per l’associazione, che però reagisce con una maturità e grande unità, riprendendo il cammino tracciato da Tom. Nel congresso straordinario che si tiene a Roma, viene nominato presidente Paolo Beni. Nei mesi seguenti viene dedicato grande impegno alla costruzione di coordinamenti nazionali per aree di lavoro,  per potenziare il coinvolgimento delle strutture territoriali nell’elaborazione politica e programmatica.
Fra il 2004 e il 2005 si tengono importanti approfondimenti seminarili sui temi delle attività internazionali, della cultura, del welfare, degli strumenti organizzativi. Cresce il suo impegno nei settori dell’altra economia, della finanza etica, dell’ambiente, della lotta alle mafie, insieme all’intensificarsi del lavoro sul terreno della cittadinanza, dell’equità social, dei diritti dei migranti, della lotta al precariato, della difesa della scuola pubblica. Nel febbraio del 2006 a Cervia si tiene il congresso nazionale, dopo una campagna congressuale molto partecipata. In un clima fortemente unitario, il congresso affida la presidenza a Paolo Beni. l’Associazione rilancia con forza il suo progetto e decide di tornare a chiamarsi semplicemente Arci, come nel 1957. Il miglior segnale di vitalità per un’associazione antica e capace di grande modernità, che a cinquant’anni dalla sua fondazione continua e rivestire un ruolo fondamentale nella società italiana.
Il successivo congresso nazionale, che conferma Paolo Beni ala presidenza, si svolge a Chianciano nella primavera del 2010. La crisi economica e finanziaria globale iniziata nel 2008 sta producendo anche in Italia effetti pesanti. Crescono il disagio sociale, la disoccupazione, la condizione di insicurezza, e precarietà di fette sempre più ampie della popolazione. Al tempo stesso le scelte del governo Berlusconi stanno trascinando la società italiana in una profonda regressione culturale e morale, è sempre più evidente la crisi dell’etica pubblica e della democrazia. Dopo le dimissioni del governo Berlusconi, si insidia il 18 novembre del 2011 il ” Governo tecnico” guidato da Mario Monti. Apprezzato dall’Ue, il nuovo governo, si attiene rigidamente ai Diktat europei, inasprendo le politiche di austerity imposte dalla Troika e gradite ai mercati internazionali. Questo comporta una politica di tagli che rende la crisi sociale sempre più aspra e precipita il paese nella recessione.
Con la conferenza organizzativa tenuta a Tivoli nel novembre del 2012, l’Arci rilancia con forza il suo progetto associativo proponendosi come motore nei suoi circoli e nelle comunità locali, di un capillare lavoro di animazione sociale e di ricostruzione culturale, necessario al Paese per uscire dalla crisi. Intanto, nello scenario politico, accadono importanti novità. Nel Dicembre del 2012, il popolo della Libertà ritira l’appoggio al governo Monti e il Presidente della Repubblica scioglie le camere, con alcune settimane di anticipo rispetto alla fine naturale della Legislatura. il 24 e 25 febbraio 2013 si tengono le elezioni politiche. Il sistema di voto resta il “Porcellum” non avendo raggiunto il Parlamento, nella legislatura appena conclusa, un accordo su una nuova legge elettorale. Le elezioni fanno registrare una vittoria di stretta misura della coalizione di centro-sinistra sul centro-destra,e una affermazione del Movimento 5 Stelle, guidato da Beppe Grillo. il 22 Marzo il Presidente della Repubblica affidata a PierLuigi Bersani un mandato esplorativo per formare un nuovo Governo. Il 28 marzo Bersani, comunicando che la consultazione non ha avuto esisti risolutivi, rimette il mandato nelle mani del Capo dello Stato. Il 19 Aprile 2013, dopo l’esito fallimentare delle candidature a Presidente della Repubblica di Franco Marini, Romano Prodi, Bersani annuncia l’intenzione di dimettersi da segretario del Partito Democratico immediatamente dopo l’elezione del Capo dello Stato. Il 20 aprile Giorgio Napolitano viene eletto per secondo mandato, Bersani si dimette e il 24 Aprile Enrico Letta riceve l’incarico di formare un governo che ottiene la fiducia del Parlamento. A livello sociale, la crisi continua a far sentire i suoi pesanti effetti. A Giugno l’Arci organizza a Viterbo il suo forum nazionale, un’occasione di dibattito con gli operatori e i circoli di tutta Italia, per capire come l’associazione nel suo complesso possa svolgere un ruolo sempre più efficace in un periodo contrassegnato dalla più grave crisi economica, sociale e culturale del dopoguerra. I temi su cui si concentra la riflessione sono tre: democrazia, politica e partecipazione, crisi economica, e risposta sociale, cittadinanza e diritti. Altri momenti di confronto sono organizzati dai gruppi di lavoro tematici. Alla ripresa autunnale inizia il percorso congressuale, con l’approvazione in ottobre, da parte del Consiglio Nazionale, del documento politico.
In novembre si da avvia alla consultazione on line sul nuovo gruppo dirigente e sui contenuti che dovranno  caratterizzare l’Arci del futuro. la data del XVI Congresso nazionale viene fissata al 14,15,16 Marzo 2014. L’assemblea congressuale viene riconvocata il 14 Giugno per l’elezione del Consiglio Nazionale che, riunitosi nella stessa giornata, eleggerà Francesca Chiavacci presidente nazionale dell’Arci e Filippo Miraglia vice presidente vicario.