Nell’86 l’associazione cambia ancora modello organizzativo, trasformandosi in confederazione di associazioni autonome. Nel 1987 nasce Arci Nova, che raccoglie l’eredità della vecchia Arci nel rapporto con i circoli e nell’impegno sul terreno culturale. All’inizio degli anni ’90, con le grandi modificazioni dello scenario nazionale e internazionale, il contesto politico muta profondamente. Si allarga nel periodo di tange poli la distanza fra cittadini, politica ed istituzioni. Questo vuoto di rappresentanza e di relazioni è spesso colmato proprio dal ruolo svolto da associazioni e movimenti. La Confederazione Arci e Arcinova reagiscono alle sfide poste dai grandi cambiamenti in atto con una comune volontà di rinnovamento che parte anzitutto dal recupero dei valori originari: la solidarietà, la mutualità, la promozione, e la sperimentazione culturale, la partecipazione attiva dei cittadini alla vita democratica. Un processo che si fonda sul pieno recupero delle funzioni storiche di circoli e case del popolo, strutture portanti del sistema Arci. Si sperimentano nuovi settori di attività nel campo dell’impegno sociale, della cooperazione e delle relazioni internazionali, delle iniziative di lotta all’esclusione sociale e al razzismo. Nel 1994 inizia il percorso che porta alla costituzione di “Arci Nuova Associazione” , soggetto in cui confluiscono Arcinova e molte delle esperienze nate nell’ambito della Confederazione. Altre realtà legate all’Arci come la Uisp, Lagambiente, Arci Gay, Arci Ragazzi e Movimento Consumatori stringono con la nuova associazione un patto federativo.